蛋白提取方法见本文第2章结肠癌FFPE组织多种蛋白提取缓冲液蛋白提取效率的比较以及蛋白定量方法部分,蛋白提取缓冲液为含有2%SDS的缓冲液1。质控样本从所有的58个样本的蛋白提取物中获取。蛋白质消化方法选用S-Trap法,消化酶选用胰蛋白酶/赖氨酸混合酶,详细方法见第3章S-Trap消化样本准备方法。非标记定量(LFQ)方法行液相色谱质谱联用的质谱分析(LCBVD-523细胞系-MS/MS),质谱分析仪是最新一代的傅立叶变换Orbitrap Fusion Lumos高分辨质谱仪;MaxQuant进行数据库搜索匹配蛋白质,统计学分析使用Perseus软件,GO功能注释和KEGG通路分析使用DAVID等相关数据库工具。结果58个结肠癌FFPE样本,共检测出6052种蛋白质,这些蛋白质中有3200种共同存在于正https://www.selleck.cn/products/gdc-0032.html常组织、原发肿瘤组织和肝转移组织中,而373种、923种和764种蛋白在正常组织、原发性肿瘤组织和肝转移组织所特有。GO功能注释能发现原发肿瘤与转移肿瘤等共有的蛋白质,更能发现转移组织特有的蛋白质。同样,KEGG信号通路分析能发现肿瘤组织中所含有各种特异性的信号通路。转移样本的无监督聚类分析检测到了590个差异表达蛋白,这些蛋白被7GDC-0449供应商0%或更多的结肠癌样本所共享。在转移灶中发现三个表达明显的聚类,聚类1集中有188个蛋白,聚类2集中有118个蛋白,聚类3集中有284个蛋白。药物与基因相互作用数据库(DGIdb)进一步分析表明,聚类1匹配有FDA批准的137种转移特异性的药物治疗靶点的66种上调蛋白,聚类2匹配有FDA批准的230种转移特异性的药物治疗靶点的54种上调蛋白,聚类3匹配有FDA批准的148种转移特异性的药物治疗靶点的42种上调蛋白。